E. coli biasanya mengkoloni saluran pencernaan bayi dalam masa 40 jam selepas lahir, tiba dengan makanan atau air atau dengan individu pengendalian anak. Dalam usus, ia melekat pada lendir/mukus dari usus besar. Ini adalah anaerob fakultatif utama dari saluran pencernaan manusia. (fakultatif anaerob adalah organisma yang dapat membiak di dalam oksigen samada wujud atau tidak.) Selama mana bakteria ini memperolehi pengekodan unsur-unsur genetik untuk faktor-faktor virulen, mereka tetap komensal yang jinak.

Penggunaan terapeutik bagi E. coli yang bukan patogen

Strain Escherichia coli Nissle 1917 yang bukan patogen juga dikenali sebagai Mutaflor digunakan sebagai agen probiotik dalam rawatan, terutama untuk rawatan pelbagai penyakit gastroenterological, termasuk penyakit usus inflamatori.